En el contexto de la militarización contrainsurgente que desplegaron los gobiernos de Carlos Salinas de Gortari, Ernesto Zedillo y Vicente Fox en zonas indígenas, después del levantamiento zapatista, en el lapso de una década se registraron numerosos actos de violencia sexual contra mujeres por parte de elementos del Ejército Mexicano. 

Estos son algunos casos que documentó en 2004 Amnistía Internacional.

• 4 de junio 1994

María Teresa Méndez Santiz, de 20 años; Cristina Méndez Santiz, de 18 años, y María Méndez Santiz, de 16 años, tseltales, fueron violadas por 10 soldados en un puesto de control cerca de Altamirano, Chiapas.

• 3 de diciembre de 1994 Delfina Flores, de 28 años, y Aurelia Méndez, tlapanecas de Zopilotepec, Atlixtac de Álvarez, Guerrero, fueron violadas por cinco soldados. En el marco de la militarización desplegada por el Ejército en la región de Loxicha, Oaxaca, 12 mujeres denunciaron haber sido violadas por militares.  Nunca procedió una investigación.

• 21 de abril de 1999

Victoriana Vázquez, de 50 años, y Francisca San Pablo, amuzgas de la región de Tlacoachistlahuaca, fueron asaltadas y arrastradas a casas abandonadas por militares en servicio.

• 16 de febrero de 2002, en Barranca Bejuco, Atoyac de los Libres, fue violada Valentina Rosendo por ocho soldados del 41 Batallón de Infantería.

• 22 de marzo de 2002

Inés Fernández fue violada en su casa, en Barranca Tecuani, también en Atoyac de los Libres, por 11 soldados. Ambas son me’phaa. Estos dos casos han llegado también hasta la Corte Interamericana de Derechos Humanos.

• 11 de julio de 2006: 13 mujeres fueron violadas por militares en Castaños, Coahuila. Participaron 20 efectivos.