Durante el desarrollo de Enciclomedia, el equipo multidisciplinario de trabajo se percató de que la enciclopedia Encarta (base de datos del proyecto) contenía errores o imprecisiones en la asignatura de historia de México.

Los programadores y desarrolladores multimedia hicieron correcciones que se ajustaban a los contenidos autorizados por la Secretaría de Educación Pública (SEP) y los añadieron a Encarta, a manera de parche.

Sin embargo, las fallas y errores continuaron. Daniel Rodríguez, programador de software educativo, asumió que resultaba absurdo seguir trabajando en una plataforma digital que a fin de cuentas no se podía utilizar y se dio a la tarea de diseñar por cuenta propia una plataforma alterna, que ofrecía soluciones para destrabar Enciclomedia. En sus ratos libres se puso a desarrollar una versión social. Remplazó el problemático sistema operativo de Microsoft con software libre; incorporó los interactivos y otros instrumentos desarrollados por los programadores de Informática Educativa del Instituto Latinoamericano de la Comunicación Educativa (ILCE) y descartó los que presentaban problemas de distinta índole.

La idea de Rodríguez era poner la plataforma, a través de Internet, al alcance de la comunidad docente, pedagogos y programadores de software.

Sin embargo, Felipe Bracho Carpizo, entonces coordinador de Informática Educativa del ILCE y principal responsable del proyecto, le pidió a Daniel Rodríguez que desistiera de su propuesta. Ante la negativa del programador, Bracho le solicitó la renuncia.

Rodríguez renunció el 21 de junio de 2009. Sin embargo, no se cruzó de brazos: decidió subir la plataforma a internet con el nombre de Encicloabierta (www.encicloabierta.org): Como desarrollador de software educativo, se me hacía un crimen dejar archivados todos esos valiosos recursos interactivos que los profesores y los estudiantes tanto necesitaban y que se había hecho con recursos públicos.

Así nació Encicloabierta, un proyecto ciudadano, sin ánimo de lucro, que remplaza el antiguo sistema de Enciclomedia por uno más sencillo y accesible; que busca contribuir con la educación de México publicando de forma libre, abierta y gratuita los recursos interactivos desarrollados por la SEP, los cuales fueron realizado con dinero público; por lo tanto, deben ser públicos.